Los órganos principales de la Unión Latina son:
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El Congreso.Conformado por los Estados Miembros de la Organización; se reúne en asamblea ordinaria cada dos años. Aprueba el presupuesto, define las grandes orientaciones de las actividades de la Unión Latina, recibe formalmente a los Estados que adhieren a la Organización y elige los Estados Miembros de las instancias dirigentes.
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El Consejo Ejecutivo.Electo por el Congreso, se compone de 12 Estados Miembros, cuyo mandato es de 4 años. El Consejo Ejecutivo supervisa las actividades de la Organización y prepara el programa de trabajo y el proyecto de presupuesto correspondiente.
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La Secretaría General.La Unión Latina está dirigida por un Secretario General nombrado por 4 años por el Congreso. Este se encarga de la ejecución de los programas y de implementar las decisiones tomadas por el Congreso y el Consejo Ejecutivo en materia de presupuesto y orientaciones generales.
La estructura de la Organización integra además los órganos auxiliares establecidos por el Congreso y por el Consejo Ejecutivo.
Financiamiento
El presupuesto de la Unión Latina es alimentado principalmente por las contribuciones obligatorias de los Estados Miembros. Para la realización de ciertas acciones la Organización colabora con instituciones públicas y/o privadas que la apoyan.