Os órgãos principais da União Latina são:
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O Congresso: é constituído pelos Estados-membros da Organização e reúne-seem sessão extraordinária de dois em dois anos. Vota o orçamento e as grandes orientações das atividades da União Latina. Acolhe os novos Estados que aderem à União Latinae elege os Estados-membros para os corpos diretivos.
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O Conselho Executivo: eleito pelo Congresso, é composto por 12 Estados-membros, cujo mandato duraquatro anos. O Conselho acompanha regularmente as atividades da Organização e prepara o programa de trabalho e o projeto de orçamento correspondente.
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O Secretariado-Geral: a União Latina é dirigida pelo Secretário-Geral, nomeado pelo Congresso paraum mandato de quatro anos. O Secretário-Geral é o responsável pela execução dos programas e das decisões do Congresso e do Conselho Executivo no que diz respeito ao orçamento e às grandes orientações.
Na estrutura da Organização, estão também integrados os órgãos auxiliares estabelecidos pelo Congresso e pelo Conselho Executivo.
Financiamento
O orçamento da União Latina é alimentado pelas contribuições obrigatórias dos Estados-membros. A Organização colabora com instituições públicas e/ou privadas para a realização de algumas das suas atividades.