Uniunera Latina este condusa de Secretarul General, ales si nominalizat pentru patru ani de catre Congres. Secretarul general raspunde de executarea programelor si a hotararilor Congresului si ale Consiliului Executiv - un adevarat consiliu de administratie al organizatiei - in ce priveste bugetul si orientarile generale. Toate birourile Uniunii Latine si functionarii sai (recrutati cu precadere dintre persoane originare din statele membre) se afla sub autoritatea sa. Ansamblul diferitelor servicii ale organizatiei formeaza Secretariatul General.

Congresul reuneste din doi in doi ani cele 35 de state membre ale organizatiei. El voteaza bugetulul si orientarile generale ale activitatii Uniunii Latine, primeste noile state care adera la organizatie si alege statele membre in organele de conducere.

Consiliul Executiv se reuneste, in general, de patru ori pe an si urmareste cu regularitate activitatile organizatiei. Este format din 10 state membre (in momentul de fata: Bolivia, Brazilia, Chile, Franta, Italia, Guatemala, Peru, Portugalia, Spania, Venezuela), precum si din doua tari care asista cu rol consultativ (actualmente: Filipine si Guinea-Bissau).

Uniunea Latina si-a creat o retea importanta de reprezentanti in circa douazeci de tari. Pe langa sediul sau din Republica Dominicana si Secretariatul General din Franta, unde functioneaza diferitele Directii, Uniunea Latina este reprezentata actualmente in Argentina, Bolivia, Brazilia, Chile, Columbia, Cuba, Ecuador, Franta, Haiti, Italia, Mexic, Peru, Portugalia, Republica Moldova, Romania, Spania, Uruguay si Venezuela.