A fines del siglo XVII desaparecieron los artistas italianos y flamencos que fueron tan numerosos en el siglo XVI y a principios del XVII. Los pintores españoles son dueños y señores del arte hasta 1650, pero después empiezan a escasear.

Por el contrario, los artistas indígenas y mestizos son cada vez más numerosos. Es entonces que la pintura - salvo en Potosí en donde Holguín imprime la marca de un arte diferente - comienza a asumir su propia identidad y a alejarse de los modelos europeos. Cuzco y el Collao son los centros de esta nueva tendencia. Las pinturas más apreciadas son aquellas que carecen de perspectiva, con escenas variadas y anecdóticas y personajes de belleza convencional. El oro, utilizado profusamente en los primeros años, pero luego desaparecido con el manierismo, vuelve a escena y los cuadros revestidos de él son altamente valorados. Berrío utiliza el oro en Potosí, Cuzco y el Collao. El gusto indígena se impone y un gran número de pinturas presentan estas características.

El siglo XVIII está marcado por un interés creciente hacia la historia incaica. Numerosas piezas de teatro recuerdan la fundación del imperio incaico, la muerte de Atahuallpa, la lucha heroica de Huayna Kapac, etc. Las obras no están destinadas únicamente a los conventos y a las iglesias: los arrieros, que en ese entonces hacían de mercaderes, compraban en ocasiones hasta 200 obras al mes para venderlas a los indígenas de las tierras altas. La pintura se hace popular y los centros indígenas del Collao y de Cuzco monopolizan la producción, especialmente en esta última ciudad, en donde los pintores realizan un trabajo masivo. El proceso de mestizaje es largo: comienza hacia 1680, durante el período barroco, creando formas diferentes a las que se acostumbra en Europa, y termina alrededor de 1780, cuando el estilo neoclásico llega a América. En los pueblos indígenas se sigue pintando bajo este estilo hasta fines del siglo XIX.

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Los primeros pintores del Collao son Leonardo Flores y el Maestro de Calamarca. El primero trabaja alrededor de 1684 en los pueblos que se encuentran a orillas del Lago Titicaca, como Yunguyo, Puerto Acosta e Italaque. Debe su estilo a los grabados flamencos. Pinta escenas anecdóticas, sus reyes llevan trajes lujosos y joyas, las vestimentas flotan cual si fueran nubes. Estas características son exageradas por los pintores del Collao que suceden a Flores, como su discípulo Juan Ramos. Si bien ciertas obras de Flores son realmente barrocas, otras, como el rico Epulón y el pobre Lázaro , representan a personajes totalmente infantiles. Flores trabajó para el Obispo de La Paz, Queipo del Llano. Sus cartas al obispo revelan un personaje seguro de sí mismo y muy orgulloso de su trabajo. Esta era en general la idea que los pintores tenían entonces de sí mismos. Muchos de ellos al firmar sus obras, precisaban donde y cuando habían sido éstas realizadas, consignando igualmente su condición social.

Después de Flores, la pintura del Collao se hace grandilocuente y se dirige a las masas. La Asunción de la Virgen es un tema recurrente y en ocasiones un carro triunfal es jalado por serpientes y sirenas. Esta última, símbolo del pecado, es uno de los motivos acostumbrados del arte barroco, especialmente en arquitectura. Otro tema favorito es el de Las Postrimerías. Las más célebres pinturas sobre este tema se encuentran en la iglesia de Carabuco, firmadas por Juan López de los Ríos. Algunas representan al demonio tentando a mujeres indígenas mientras escuchan un sermón.

En todas estas obras volvemos a encontrar la influencia flamenca. El infierno, en particular, nos recuerda al Bosco. La serie más famosa después de la de Carabuco se encuentra en Caquiaviri, fechada en 1739. En Carabuco es donde aparecen los primeros ángeles vestidos a la usanza del siglo XVII. Estos ángeles serán más tarde el tema favorito de los pintores de las tierras altas. En Bolivia existen varias series de ángeles, siendo la más famosa la que se encuentra en la iglesia de Calamarca. Está compuesta de 36 cuadros que podemos agrupar en tres series: los arcabuceros, los que están vestidos de Romanos y los serafines, con vestimenta de mujer. Esta iconografía proviene, por una parte, de Dionisio el Areopagita y por otra, de los tratados militares del siglo XVII.

La serie de Calamarca fue encargada en 1680. Los personajes carecen de relieve, los rostros son infantiles y convencionales, las vestimentas minuciosamente pintadas. Las otras series de ángeles se encuentran en Peñas (departamento de La Paz), Yarvicolla (Oruro), en la iglesia de San Martín (Potosí) y Pomata (Puno). Muy probablemente estas pinturas de ángeles nacieron en el Collao. Las "Madonas", que son copias de imágenes populares de la Virgen, se expandieron igualmente en la región y además se siguen haciendo en la actualidad. Las más antiguas se remontan a 1680. Como en el caso de los ángeles, este tema se originó seguramente en el Collao y Cuzco, regiones en las que fue creado, así como en Potosí, donde Luis Niño y Ecoz pintaron "Madonas" de este estilo. Encontramos en Cuzco las obras de Chilli Tupac y de innumerables anónimos con este tema. Las "Madonas" más conocidas son las de Cocharcas y Pomata. Esta última proviene de la misión dominicana del Lago Titicaca. Pomata es un pueblo cerca de Copacabana, en donde las Vírgenes tienen una belleza singular. Junto con los ángeles, estas obras son testimonio del alto nivel que podía alcanzar la pintura americana en su interpretación del barroco. Si las comparamos con las que eran realizadas en la misma época en España y en el resto de Europa, podemos ver cuan lejos se llegó: luego de haber importado al siglo XVI las formas artísticas, los Americanos las adaptaron a su propia sensibilidad para crear un arte original y diferente.

Si bien no existe influencia española en el Collao, Zurbarán está ahí presente, con sus imágenes de santas imitadas por los pintores locales. Además de los ángeles, existen numerosas series de santos, Santa Casilda, por ejemplo, cuyas joyas nos recuerdan a Flores.